О времени появления первобытных людей в тундрах северо-востока европейской части России существует несколько научных точек зрения. По одной из самых распространенных, заселение этого края произошло еще в эпоху палеолита, ранее VIII тысячелетия до н.э., о чем свидетельствуют археологические памятники в районе Харуты и Пымва-Шор. Подругой гипотезе, люди пришли сюда в эпоху мезолита, приблизительно в VIII—VI тысячелетии до н.э. По третьей — в эпоху неолита, в V — середине III тысячелетия до н.э. Следы поселений этого периода обнаружены в бассейнах рек Колва-вис, Коротаихи, в низовьях Печоры.
С наибольшей вероятностью можно предположить, что первыми поселенцами тундры были охотники на северного оленя, пришедшие сюда с Верхней Волги. До нас дошли многочисленные стоянки эпохи бронзы (II—I тысячелетия до н.э.): Ортино в Нижнепечорье, Судорма и Минина Виска в Малоземельской тундре, Коротаихинские на востоке округа, Нерчей, Войяты, Сандибей, Злобинская и другие в бассейне р. Колвы, а также на побережье Баренцева и Карского морей. Уже в неолите и бронзовом веке, а возможно и раньше, люди вышли в морские пространства, добрались до островов Баренцева моря. Это подтверждают следы каменной индустрии на о-ве Вайгач. К концу 90-х гг. XX столетия на территории округа выявлено несколько сотен стоянок древнего человека, из них около ста — в Нижнепечорье.
В эпоху раннего Средневековья (V—X вв. н.э.), т.е. сравнительно недавно, в субарктических широтах северо-востока Европы обитали племена морских зверобоев и охотников на северного оленя, этническая принадлежность которых не установлена. Письменные памятники свидетельствуют, что еще в конце XVIII в. на всей территории обитания ненцев встречались запустевшие, наподобие пещер, жилища некоего народа. Преобладает мнение, что эти люди пришли с Нижней Оби. Однако часть исследователей склонна считать их племенами с берегов Белого моря, территорий, занимаемых протосаамскими и чудскими племенами. Вероятно, во второй половине I тысячелетия они освоили тундры северо-востока Европы и продвинулись до Ямала. Говорили эти племена, как предполагается, надревнесаамском языке. В русских летописях XI—XIV вв. они именуются как «печера», а в ненецких преданиях — «сиртя», «сихиртя», что сохранилось в отдельных топонимах: Сиртя саля (мыс Сирти), Сиртя яха (река Сирти), река Печора и т.д.
В ходе археологических раскопок, проведенных в 80—90-х гг., обнаружены уникальные памятники материальной культуры этого народа, в частности укрепленные поселения — племенные центры: городище в устье р. Гнилки, в 25 км к юго-западу от Нарьян-Мара и Ортинское городище в устье р. Печоры, датируемые VI—X вв. Здесь сохранились остатки дерево-земляных сооружений оборонительного характера, бревенчатых жилищ и хозяйственных построек, предметов обихода и украшений. Археологи обнаружили жертвенное место на р. Гнилке (VI—XIII в. или начало XIV в.). Жертвенному месту на р. Гнилке по временному срезу и составу находок аналогичны святилища на о-ве Вайгач. Некоторые из святилищ на Вайгаче сохранялись и после XIII столетия, неся следы новой, ненецкой культуры.
Пока нет однозначных ответов, как долго эти племена заселяли территорию Субарктики, и что произошло с ними в дальнейшем. Ответы на эти вопросы в какой-то мере могли бы быть получены в ходе дальнейших археологических работ, что позволило бы увязать проблему со временем появления на этих землях предков современных ненцев. Здесь оценки также расходятся. Одни исследователи считают, что ненцы обитали в тундрах северо-востока Европы уже в конце I тысячелетия, другие — что пришли они позднее, в XII—XIV вв., третьи относят их приход к временам после XIV в.
Относительно происхождения ненцев как одного из народов самодийской группы также существует ряд гипотез. По одной из них, предками этих народов являются аборигены приполярной зоны. По другой — выходцы из бассейна Волги. По третьей, северные самоеды (современные ненцы, энцы, нганасане и селькупы) — потомки самоедских племен Саянского нагорья. По четвертой, предками северных народов были не только самодийские племена Саянского нагорья, но и аборигенные племена Крайнего Севера.
Можно предположить, что какое-то время аборигены и предки современных ненцев сосуществовали рядом. Но, вероятно, печорские племена были малочисленны и потому не смогли противостоять пришельцам. Часть из них погибла, оставшиеся же быстро ассимилировались с победителями, утратили язык и растворились среди ненцев, воспринявших отдельные элементы культуры аборигенного населения.